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环保十二烷基二甲基苄基氯化铵药剂异噻唑啉酮2类产品作粘泥剥离剂时，投加浓度150- 300mg/L；作杀菌剂时，每隔3-7天投加一次，投加剂量80- 100mg/L.能与氯气等氧化型杀菌剂同时使用，不能用于含硫化物的冷却水系统，与季铵盐复合使用效果较佳。环保十二烷基二甲基苄基氯化铵药剂做工业杀菌防富剂使用时，一般浓度为0.05-0.4%。

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目前在纺织印染行业领域普遍采用两次(两级)集中处理模式，环保十二烷基二甲基苄基氯化铵药剂即“企业对排放的废水先通过自建污水厂进行预处理，达到一定的国家标准后进行纳管排污，之后由专门化的污水处理厂集中处理，达标后排放”。这种污水处理和管理模式可以在一定程度上提高印染污水的处理效果。目前多个地方采用一次集中处理模式或两次集中处理模之来治理工业废水，通过建立工业废水集中处理厂废水纳人统一管理，河南环保十二烷基二甲基苄基氯化铵药剂规模化治污，采用一次集中治污模式后，工业废水处理基本从企业分离出来，交给专业的工业废水集中处理厂处理，避免企业重复投资自建污水处理设施，极大减轻了企业治理成本。